रूट स्टॉक पर भी पौधों को बड़ा बनाया जा सकता है। यह धारणा सही नहीं है कि रूट स्टॉक पर तैयार किए गए पौधे बड़े नहीं होते। कम ढलान व ठंडे इलाकों में अधिक बीमों वाली प्रजाति के सेब के पौधे लगाने के लिए एम-07 व एम-106 रूट स्टॉक का इस्तेमाल किया जाना चाहिए। इसमें पौधों की दूरी तीन मीटर हो तथा पौधे एक सीध में कतार में लगे हों। ऊंचाई वाले इलाकों में एम-07 व एम-111 रूट स्टॉक भी लगाया जा सकता है।
ड्वारफ रूट स्टॉक में एम-09, सेमी ड्वारफ में एमएम-106, विगरस श्रेणी में एमएम-111 व एमएम106, एमला सीरिज में एम-26, एमला-09 व एमला-111 व एमला-07 पर पौधे तैयार करने चाहिए।
